So geht wieder.

Was habe ich gemacht:
@e-t-c: Ja ich habe die ntldr und die ntdetect.com von der Sp2 CD auf die SP3 Installation drübergespielt. Hab ich wieder rückgängig gemacht (sprich SP3 Dateien besorgt). Hat nichts geholfen.

@anno_58: Mein chkdsk hat KEINE defekten Sektoren gefunden. Und wenn doch, sollte dann das nächste fixmbr nicht den mbr neu schreiben - also in den relokierten Sektor, der funktioniert? Habs probiert, hat nichts geholfen.

Lösung: Ich hab mit der gparted CD die NTFS Partition kleiner gemacht und versteckt (hidden).

Dann habe ich mit der SP2 CD ein neues XP in eine neue Partition am nun freien Platz installiert. Das hat funktioniert bis zum ersten reboot der Installation, dann ist sofort zum boot gekommen "Disk Lesefehler. CRTL-ALT-DEL drücken". Die Installation hat natürlich nicht fortgesetzt, aber das war insoferne ein Fortschritt, weil der Rechner jetzt wieder von der Platte gebootet hat. Der Lesefehler war mE deshalb, weil die neue primäre Partition (die alte ist ja versteckt) zu weit hinten auf der Platte angefangen hat.

Ich hab dann mit der GParted CD die neue Partition gelöscht, die alte wieder sichtbar gemacht und gebootet. Hat funktioniert. XP hat selbst chkdsk gemacht, dann neu gebootet und ist problemlos hochgefahren.

Am Schluss war aufräumen angesagt: DIe doppelte Windows-Installation im zweiten Verzeichnis wieder gelöscht und die Partition wieder vergrößert. Das wars.

Bleibt natürlich immer noch die Frage nach der Ursache. Ich vermute, es war ein Knopf in der Partitionstabelle und das resizen hat den behoben (Linux/gparted sei Dank). Warum der Bug ursprünglich gekommen ist weiss ich nicht, werde mal die Platte weiter beobachten. Da ich alle wichtigen Daten ohnehin am NAS hab und dort täglich eine kompletten Sicherungssatz der Daten auf eine zweite Platte wegschreibt, mach ich mir da mal nicht so viele Sorgen.

Danke an alle, die versucht haben, mir zu helfen!