Normalerweise sollte die von allein gespeichert sein. Versuche doch mal Deinen Grafiktreiber neu zu installieren bzw. zu aktualisieren. Ich kanns zwar nicht mit Gewissheit sagen, aber solche Problemchen gibt es öfter mal mit Treibern.

such mal im i-net nach dem kleinen tool

DeskSave

damit kannst du unter anderem die anordung der icons wunderbar abspeichern.
sie bleiben immer do wo die letze speicherung war.

auch nach einer änderung der auflösung.
obs deinem problem hilft, keine ahnung, aber wenn die neuintall der graka nichts bringt, damit vielleicht