Einem Programm kann man keine Variablen übergeben, sondern nur Parameter. Einen Rückgabewert hat ein Programm auch nicht, sondern höchstens einen Exit-(Fehler)Code.

Wenn es sich um kein Komanndozeilenprogramm handelt, sondern um eines mit einer grafischen GUI, dann stehen die Chancen zur Einbindung in PHP noch schlechter. Außerdem: soll das ganze zu Hause stattfinden oder auf irgendeinem Server? Bei letzterem lassen viele Administratoren gar nicht erst das Ausführen von Programm zu.

Daher bitte etwas mehr umschreiben, was gezielt gewünscht ist.

Anscheinend geht das mit exec. Kuckst du mal auf der Webseite:
http://de2.php.net/manual/de/function.exec.php
Wenn du vieleicht schon probiert hast und es funzt nicht dann liegt es meistens daran das man Windows benutzt und vergisst die Backslashes beim Pfad zu doppeln. Das ist leider so.
Ich habe es nicht selbst probiert aber es könnte vielleicht so aussehen:

exec("c:\\windows\\command\\befehl.exe /b /s",,$return);
echo $return;