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Die Wurzel einer Datenstruktur, zumeist die eines Baumes, wird im Fachjargon als root bezeichnet. Das wohl prominenteste Beispiel eines Baumes im Bereich der Informatik findet man üblicherweise in Form von Dateisystemen auf Datenträgern. Pro System oder manchmal auch pro Datenträger findet man genau ein Verzeichnis, welches in keinem anderen Verzeichnis enthalten ist. Dieses höchste Verzeichnis bezeichnet man als Wurzelverzeichnis, da dieses Verzeichnis die Wurzel für den gesamten Verzeichnisbaum darstellt. Baum ist hier im übertragenden Sinn zu verstehen, denn bei Verzeichnisbäumen wird die Wurzel oben dargestellt, womit sie sich genau gegensätzlich zu realen Bäumen verhalten.

Welche und wie viele Wurzelverzeichnisse es auf einem System gibt, hängt alleine vom Betriebssystem ab. Unter Microsoft Windows und ähnlichen Betriebssystemen besitzt jede Partition (bei partitionierten Datenträgern) oder jedes Laufwerk ein Wurzelverzeichnis (auch: Hauptverzeichnis). Zur Unterscheidung der Hauptverzeichnisse wird dem Verzeichnisnamen ein Buchstabe, gefolgt von einem Doppelpunkt, vorangestellt (z. B. C:). Unter unixoiden Betriebssystemen gibt es nur ein Hauptverzeichnis im System. (Das Symbol für dieses Root-Verzeichnis ist der Schrägstrich „/“.) Die Verwendung von Buchstaben zur Unterscheidung zwischen Hauptverzeichnissen kann damit entfallen.

Gemäß dem Filesystem Hierarchy Standard wird auch das persönliche Verzeichnis des Benutzers root als root bezeichnet. Es befindet sich direkt im Hauptverzeichnis (/root).