Ob du AGP oder PCIe verwenden kannst, bestimmt dein Mainboard.
Wenn du nicht weißt, was dein Mainboard unterstützt, informiere dich mit dem Programm Everest(Freeware).

Besser ist keines bis zu einem bestimmten Punkt.
AGP wird aber nicht mehr weiterentwickelt.
Die leistungsstarken Grafikkarten gibt es nur noch für PCIe.
In der Leistung vergleichbare AGP-Karten waren in letzter Vergangenheit etwas teurer.
Über das momentane Preis/Leistungsverhältnis bin ich nicht ausreichend auf dem laufenden.

AGP kaufen ist eigentlich nur sinnvoll, wenn die restliche Hardware noch dazu passt und die Kosten für's Aufrüsten unverhältnismässig zu einem Umstieg auf PCIe sind.
Weiterhin, wozu du die Grafikkarte überhaupt brauchst.
Das musst du dann abwägen.