// Mögliche Ausnahmen abfangen
try {
  // Datei "infilename" zum lesen öffnen
  BufferedReader in = new BufferedReader(new FileReader("infilename"));

  // Datei "outfilename" zum schreiben öffnen
  BufferedWriter out = new BufferedWriter(new FileWriter("outfilename"));

  // Hierdrin wird jede Zeile der einzulesenden Datei gespeichert
  String str;

  // Lese solange wie möglich (bis Dateiende) eine neue Zeile ein
  while ((str = in.readLine()) != null) {

    // Mache sonstwas mit der Zeile...
    // ...

    // Veränderte Zeile wird in Datei "outfilename" geschrieben
    out.write(str); 

    // ...und noch ein Zeilenumbruch angefügt, der beim einlesen schon entfernt wurde
    out.newLine();
  }

  // Einzulesende Datei schließen
  in.close();

  // Zu schreibende Datei schließen (und speichern)
  out.close();

// Ausnahme aufgetreten?
} catch (IOException e) {

// Wenn hier kein Code, dann werden Ausnahmen ignoriert
}